Skrypty

Programy pisze się z reguły w skryptach – plikach tekstowych, które można zapamiętać w katalogu roboczym pod nazwą kojarzącą się z treścią programu. Programy zapisane w skryptach kopiuje się do konsoli (metodą zaznacz, Ctrl+C, Ctrl+V), sprawdza się, które linijki generują błędy, poprawia i zapamiętuje poprawnie wykonujące się programy pod odpowiednimi nazwami. Takie gotowe skrypty można w kolejnej sesji otworzyć i ponownie użyć. Otwartych skryptów można mieć jednocześnie kilka, co w niektórych sytuacjach jest bardzo korzystne.

Skrypty w R (bez nakładki RStudio)

Po włączeniu “czystego” R zazwyczaj pojawia się tylko okienko konsoli. Jednak tworząc kilkulinijkowe programy, w których ewentualne błędy pokażą się dopiero po wykonaniu wszystkich linijek, lepiej jest zapisywać je w skryptach. Okienko skryptów otwiera się klikając na menu Plik  i wybierając Nowy Skrypt.

W skryptach mysz działa tak, jak w systemie operacyjnym. Edytor umożliwia kopiowanie lub przenoszenie w inne miejsce większych fragmentów, automatyczne znajdywanie różnych fraz. Wszystko po to, by łatwiej było pisać i poprawiać programy. Gotowy program można zaznaczyć, skopiować, uruchomić w konsoli. Konsola całą zawartość skryptu podzieli na linijki kodu i każdą po kolei wykona lub opisze rodzaj błędu, który uniemożliwi jej wykonanie. Można je poprawiać i kopiować na nowo, do skutku.

Skrypty zapamiętuje się w plikach z odpowiednią do zawartości nazwą (nawet wtedy gdy zawarty w nich program ma błędy). Dostają one rozszerzenie .R. Są to pliki tekstowe, które można odczytać i modyfikować w notatniku. Zazwyczaj gromadzi się je w katalogu roboczym związanym z jakimś tematem badawczym. Otwiera się je w R przez wybór w menu “Otwórz skrypt”. Gdy program nie uruchamia się tak, jak trzeba i potrzebna jest konsultacja ze znawcą R, można je przesyłać pocztą mailową lub zamieścić w którymś z forów internetowych dotyczących języka R opisując swój problem. Zazwyczaj zawsze znajdzie się ktoś, kto poda rozwiązanie tego problemu.

W tej części podręcznika pojawiają się plansze z programami przeznaczonymi do kopiowania właśnie do skryptu. Wyglądać to będzie następująco:

agg=aggregate(weight~Time+Diet, ChickWeight, function(x) c(mean(x), sd(x)))
sred=agg[,3][,1]
odch=agg[,3][,2]
sred=round(sred,1)
odch=round(odch,1)
wyn=paste(sred,intToUtf8(177),odch)
mac=matrix(wyn,12,4,dimnames=list(dzien=c(0:10*2,21), dieta=1:4))
print(mac,quote=FALSE)

Jest to program do wyświetlenia tabeli ze średnimi i odchyleniami standardowymi obrazującymi wzrost ciężaru kurczaków karmionych czterema rodzajami diety. Korzysta z zaimplementowanej do R bazy danych ChickWeight.

Skrypty z poprawnie napisanym programem (nie generującycm komunikatów o błędzie i liczacym to co trzeba) mozna zapamietać. Nalezy aktywowac okienko skryptu i wykonac Zapisz jako: w meny Plik. Plik tekstowy z rozszerzeniem .R zostanie zapamietany w katalogu roboczym (patrz R, podstawowe operacje).

Nawiasem mówiąc skróty myślowe postaci: “napisałem nowy skrypt” (zamiast “napisałem nowy program w skrypcie”), “przesyłam ci skrypt dotyczący komórek śledziony” (zamiast “przesyłam ci skrypt z programem dotyczącym komórek śledziony”) spowodował, że słowo skrypt zaczęto utożsamiać z programem i stało się to dość powszechne.

Skrypty w RStudio

Opisana w na początku pierwszej części podręcznika nakładka na R zwana RStudio zazwyczaj otwiera kilka okien jednocześnie, w tym okienko skryptu i konsoli.

Po pierwszym uruchomieniu Rstudio można uzyskać komunikat, że RStudio nie znalazł R i trzeba mu podać ścieżkę dostępu do R. W systemie Windows 10 standardowo R instaluje się w folderze Dokumenty i wtedy ścieżka dostępu ma postać: “…/Dokumenty/R/R-3.3.3./bin/x64” lub “…/Dokumenty/R/R-3.3.3./bin/i386”. Przy kolejnych uruchomieniach nie trzeba już tego wykonywać. W ten sposób zamiast uruchamiać R możemy uruchamiać RStudio i robić to samo.

Po uruchomieniu RStudio pokazują się 4 standardowe okna – skrypt, pod spodem – konsola, z boku wykaz obiektów, z dołu okno które można przełączać na “Files” pokazującym pliki w katalogu roboczym, “Plots” pokazującym wykonane wykresy, Packages – pokazującym załadowane pakiety, Help z dostępem do całej oficjalnej dokumentacji R i Viewer z innymi wynikami graficznymi uzyskiwanymi podczas pracy z RStudio. Przykładowe okna RStudio wyglądają następująco:

Skrypt pokazuje się zazwyczaj powyżej konsoli. Zapisuje się w program (często kopiuje z naszego podręcznika) i podmienia nazwy zmiennych na własne. Następnie trzeba wszystko zaznaczyć i kliknąć na ->Run. Program zostanie przeniesiony do konsoli i wykonany. Można poprawić ewentualne błędy i ponownie przenieść do konsoli. Potem trzeba sprawdzić, czy wyniki wyglądają tak, jak tego oczekiwaliśmy. Można bowiem coś zaprogramować poprawnie pod względem informatycznym, ale błędnie liczącym lub przetwarzającym dane. Dopiero po wyeliminowaniu wszelkich błędów skrypt zapamiętujemy, co robi się podobnie jak w czystym R.